Modelowanie molekularne dla projektowania leków B - laboratorium

fakultatywne

Modelowanie molekularne dla projektowania leków 1200-1CHMMOW6

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi 1200-2BLOK7-BIOW6
Receptory GPCR - struktury, działanie, leki 1200-RGPRC-OG

Zapoznanie się z rodzajami celów molekularnych i rodzajami leków, oraz poznanie w jaki sposób leki mogą z nimi oddziaływać aby je blokować lub aktywować.

w sali
zdalnie

Praktyczne zapoznanie z programami służącymi do modelowania molekularnego i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych. Praktyczne korzystanie z serwisów internetowych oraz baz danych mających związek z lekami i ich celami molekularnymi. Elementy programowania w języku Python.

W ramach pracowni studenci będą mogli zapoznać się z programami do modelowania molekularnego i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych (m.in. Yasara, VMD, PyMol). W części programów będzie możliwość budowania i modyfikacji związków chemicznych i białek. Ćwiczenia pozwolą także na nabycie umiejętności korzystania z internetowych baz danych związków chemicznych i ich celów molekularnych (m.in. PubMed i PDB). Nabycie umiejętności programowania w języku Python pozwoli wykonać m.in. ćwiczenie na zastosowanie metod sztucznej inteligencji (deep learning) do celów klasyfikacji dużych zbiorów danych.

Studenci z grupy B wykonają dodatkowo (w porównaniu do grupy A) trzy ćwiczenia obejmujące m.in. wykorzystanie skryptów w Pythonie do tworzenia interaktywnych wykresów oraz konstruowanie struktur białek i kompleksów białkowych z wykorzystaniem sztucznej inteligencji (serwer AlphaFold3).

- Całkowity nakład pracy studenta: 3*25 = 75 godzin.

- Udział w zajęciach: 45 godzin

- Przygotowanie się do zajęć: 20 godzin

- Konsultacje z prowadzącymi: 10 godzin

---

Wiedza: absolwent zna i rozumie w zaawansowanym stopniu aspekty budowy i działania leków, podstawy modelowania molekularnego, oraz rozumie interdyscyplinarny charakter projektowania nowych leków.

Umiejętności: absolwent potrafi stosować aparat pojęciowy i modele jakościowe chemii do analizy i interpretacji własności molekuł, oraz ich oddziaływania z biomolekułami. Umie wyszukiwać potrzebne informacje z internetowych baz danych struktur związków chemicznych oraz biomolekuł, a także posługiwać się językiem programowania Python na poziomie podstawowym.

Kompetencje społeczne: absolwent jest gotów do rozumienia i uznania roli wiedzy w formułowaniu opinii, rozwiązywaniu problemów z dziedziny chemii i nauk biomedycznych. Potrafi dokonać krytycznej oceny posiadanej przez siebie wiedzy i umiejętności oraz oceny wiedzy pozyskiwanej z różnych źródeł.

Dopuszczalna liczba nieobecności usprawiedliwionych: wymagane jest zaliczenie wszystkich ćwiczeń, także w terminach dodatkowych.

Ocena jest wystawiana za wykonanie ćwiczenia i sporządzenie raportu. Niezaliczenie raportu skutkuje powtórnym wykonaniem ćwiczenia.

Raport jest pisany i wysyłany podczas zajęć.

Nie dotyczy