Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Bioinformatyka II

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-3MON38L
Kod Erasmus / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka II
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Wykłady monograficzne w semestrze letnim (Szkoła Doktorska)
Punkty ECTS i inne: 1.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
chemia
fizyka
informatyka
matematyka

Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne

Założenia (opisowo):

Zakłada się podstawową wiedzę z zakresu bioinformatyki. Student powinien wiedzieć m.in czym jest homologia, uliniowienie sekwencji, drzewa filogenetyczne, itp.

Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest poszerzenie podstawowej wiedzy z bioinformatyki o wybrane zagadnienia i przedstawienie metod aktualnie wykorzystywanych. Przedstawione zostaną przede wszystkim metody analizy i modelowania struktur białek, które aktualnie wykorzystywane są w pracach badawczych z tej dziedziny

Pełny opis:

Tematyką zajęć jest sześć wybranych zagadnień - aktualnych i szeroko stosowanych metod bioinformatycznych:

1) Metody analizy skupień: zachłanne, k-średnich, podejścia hierarchiczne

3) Metody uczenia maszynowego, deep learning

2) Ukryte Modele Markowa i profile sekwencyjne

4) Metody przewlekania białek

5) Modelowanie porównawcze

6) Haszowanie geometryczne i pokrewne algorytmy analizy struktur

W trakcie ostatnich, siódmych zajęć słuchacze zaprezentują wybraną publikację naukową wykorzystującą jedną z w/w metod badawczych

Literatura:

Publikacje przeglądowe polecane w trakcie wykładu

Efekty uczenia się:

Student:

- rozumie teoretyczne podstawy prezentowanych metod bioinformatycznych

- umie omówić zastosowany w nich algorytm

- umie w praktyce zastosować wybrane narzędzia bioinformatyczne odpowiednio do postawionego problemu.

Po zakończeniu nauki w ramach przedmiotu student powinien umieć dobrać narzędzie bioinformatyczne odpowiednio do swoich problemów badawczych, a także krytycznie przeanalizować uzyskane wyniki.

Metody i kryteria oceniania:

Zaprezentowanie wybranej publikacji naukowej z zakresu wykładu, omówienie metod bioinformatycznych zastosowanych w tejże pracy. Student musi być obecny na wszystkich zajęciach.

Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Wykład monograficzny, 15 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Dominik Gront
Prowadzący grup: Dominik Gront
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)