Pracownia specjalizacyjna z chemii teoretycznej i strukturalnej
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1200-2CHTEOSTL2M |
Kod Erasmus / ISCED: |
13.3
|
Nazwa przedmiotu: | Pracownia specjalizacyjna z chemii teoretycznej i strukturalnej |
Jednostka: | Wydział Chemii |
Grupy: |
Pracownie i seminaria specjalizacyjne w semestrze 2M |
Punkty ECTS i inne: |
10.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
Tryb prowadzenia: | lektura monograficzna |
Skrócony opis: |
Korzystanie z bardziej zaawansowanych technik obliczeniowych chemii teoretycznej Celem Pracowni Specjalizacyjnej w dziedzinie Krystalografii jest zapoznanie studentów z udokładnieniami problematycznych struktur krystalicznych oraz innymi modelami gęstości elektronowej niż sferyczny model atomu. Oferowane do wyboru ćwiczenia z Modelowania Molekularnego zapoznają studentów z aktualnie używanym oprogramowaniem do modelowania oraz projektowania struktur białek i kwasów nukleinowych a także do wykrywania powiązań ewolucyjnych między nimi. |
Pełny opis: |
Metody Chemii Kwantowej: Student wykonuje 6 ćwiczeń wybranych przez kierownika jego pracy magisterskiej z poniższego zestawu: Elementy algebry liniowej w chemii kwantowej. Rachunek zaburzeń. Druga kwantyzacja i wielociałowy rachunek zaburzeń. Metoda sprzężonych klasterów. Teoria DFT. Teoria grup SN i U(n). Teoria oddziaływań międzymolekularnych. Teoria własności molekularnych. Teoria zaburzeń zależnych od czasu, teoria TD-SCF. Metody półempiryczne. Teoria rachunku zaburzeń o adaptowanej symetrii. Analiza konformacyjna molekuł. Metody Modelowania Molekularnego z elementami Bioinformatyki: student wykonuje 6 ćwiczeń z podanej listy: M1: Metody Monte Carlo: metoda multikanoniczna, metoda replik, schemat Metropolisa, zastosowane do modelowego problemu (symulacja łańcuchów polimerowych, gaz LJ, model wody) M2: Modelowanie struktur białek wielodomenowych z wykorzystaniem oprogramowania AlfaFold, RosettaFold, Rosetta M3: przewidywanie właściwości molekularnych z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego M4: modelowanie gruboziarniste białek - program SURPASS M5: Przeszukiwanie baz sekwencyjnych z wykorzystaniem oprogramowania PsiBlast i pakietu HHPred M6: modelowanie gruboziarniste błony lipidowej M7: Dokowanie ligandów do białek oprogramowaniem Rosetta Student po wybraniu Pracowni Specjalizacyjnej w Pracowni Krystalochemii wykonuje 15 obowiązkowych ćwiczeń (C0-C14), które są zaliczone na podstawie sprawozdań. Forma opisu jest podawana na pierwszych zajęciach z danego tematu. Za każde sprawozdanie student może otrzymać maksymalną ilość punktów zdefiniowaną przy każdych zajęciach. Sprawozdanie należy przesłać w ciągu jednego tygodnia od zakończenia danego ćwiczenia. Lista zajęć w ramach Pracowni Specjalizacyjnej na Pracowni Krystalochemii to: C0: Zajęcia wprowadzającę - redukcja i integracja danych rentgenowskich oraz udokładnienie czterech struktur krystalicznych (20 pkt) C1: Udokładnienie struktur z nieporządkiem (30 pkt) C2: Udokładnienie struktur z bliźniaczeniem (20 pkt) C3: Udokładnienie danych uzyskanych z dyfrakcji neutronów (10 pkt) C4: Udokładnienie TAAM (ang. Transfarable Aspherical Atom Model) w programie Olex (10 pkt) C5: Zaawansowane metody opisu drgań termicznych w rentgenografii (10 pkt) C6: Udokładnienie rozkładu gęstości elektronowej przy użyciu modelu multipolowego (10 pkt) C7: Udokładnienie metodą HAR (ang. Hirshfeld Atom Refinement) w programie Olex (10 pkt) C8: Redukcja i integracja danych rentgenowskich otrzymanych przy użyciu promieniowania synchrotronowego oraz rozwiązanie i udokładnie struktury białka. (20 pkt) C9: Rentgenowskie pomiary dyfrakcyjne pod zwiększonym ciśnieniem - eksperyment z DMSO (20 pkt) C10: Otrzymywanie nowych kokryształów - mechanochemia + pomiar PXRD (10 pkt) C11: Zaawansowane obliczenia teoretyczne w CRYSTAL (10 pkt) C12: Rozwiązanie struktur z modulacją (10 pkt) C13: Struktury z rozpraszaniem dyfuzyjnym - program DISCUSS (10 pkt) C14: Samodzielny pomiar rentgenowski wraz z samodzielną analizą danych i opisem strukturalnym (100 pkt). |
Literatura: |
1.I.M. Gelfand, Wykłady z algebry liniowej, PWN, 1977. 2.L.Piela "Idee chemii kwantowej", Warszawa, PWN, 2003, Rozdzial 7. 3.Strony internetowe w Aneksie do powyższej książki: http://www.chem.uw.edu.pl/ideas/index.php?option=com_content&task=view&id=23&Itemid=76 4.Dieter W. Heermann, Podstawy symulacji komputerowych w fizyce, WNT, Warszawa 1997. 5. Simulation methods for polymers, ed. by Michael Kotelyanskii & Doros N. Theodorou, Marcel Dekker, New York Basel 2004. 6. Giacovazzo, C.; Monaco, H. L.; Artioli, G.; Viterbo, D.; Milanesio, M.; Gilli, G.; Gilli, P.; Zanotti, G.; Catti, M. Fundamentals of Crystallography; 3rd ed., Ed.; 2011. 7. Müller, P.; Herbst-Irmer, R.; Spek, A. L.; Schneider, T. R.; Sawaya, M. R. Crystal Structure Refinement: A Crystallographer’s Guide to SHELXL; International Union of Crystallography Texts on Crystallography; Oxford University Press: Oxford, 2006. |
Efekty uczenia się: |
Opanowanie umiejętności zastosowania najważniejszych technik obliczeniowych chemii kwantowej i termodynamiki do rozwiązywania konkretnych problemów chemicznych Student po zakończeniu Pracowni Specjalizacyjnej w dziedzinie Krystalografii umie wstawić samodzielnie pomiar rentgenowski, wykonać analizę danych, rozpoznać charakterystyczne cechy danych problematycznych m.in. nieporządek, zbliźniaczenie, rozpraszanie dyfuzyjne i struktury modulowane. Ponadto zna podstawy modeli gęstości elektronowych (IAM, TAAM, HAR) stosowanych w udokładnieniu danych rentgenowskich, zna ich ograniczenia i możliwości stosowania. |
Metody i kryteria oceniania: |
ocena zadań domowych oraz ustne sprawdziany wiadomosci Ocena z Pracwoni Specjalizacyjnej w dziedzinie Krystalochemii zostaje wystawiona na podstawie raportów z ćwiczeń (C0-C14). Student w ramach zajęć może otrzymać maksymalnie 300 punktów. Student aby zaliczyć Pracownię musi uzyskać co najmniej 150 pkt, na ocenę dostateczną plus co najmniej 195, na ocenę dobrą 225 pkt, na ocenę dobrą plus 240, na na ocenę bardzo dobrą 270, a na ocenę celująca 285 pkt. |
Praktyki zawodowe: |
brak |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)
Okres: | 2024-02-19 - 2024-06-16 |
Przejdź do planu
PN WT LAB-SPE
ŚR CZ LAB-SPE
PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium specjalizacyjne, 120 godzin, 20 miejsc
|
|
Koordynatorzy: | Dominik Gront, Anna Makal, Marcin Modrzejewski, Robert Moszyński | |
Prowadzący grup: | (brak danych) | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.