Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-2CHMMO1W1
Kod Erasmus / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Moduł 1 Leki - od projektowania do wdrożenia (S2-PRK-CHM)
Punkty ECTS i inne: 1.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
chemia
fizyka
informatyka
matematyka
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe
Założenia (lista przedmiotów):

Modelowanie molekularne dla projektowania leków 1200-1CHMMOW6
Założenia (opisowo):

Znajomość podstawowych metod modelowania i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych.

Tryb prowadzenia:

mieszany: w sali i zdalnie
w sali
Skrócony opis:

Wykład ma na celu przedstawienie założeń i ogólnej charakterystyki komputerowych metod projektowania leków. Zwrócona zostanie szczególna uwaga na dokowanie molekularne, w tym z wykorzystaniem dużych baz danych związków chemicznych, jako podstawowa metoda stosowana w projektowaniu leków.

Pełny opis:

Na wykładzie będą omawiane założenia metod projektowania leków i przykłady ich wykorzystania. Aby pokazać szerszy kontekst zastosowania tych metod zostanie zrobiony przegląd różnorodnych celów molekularnych (białek, DNA, RNA) z ligandami/lekami w celu porównania ich konformacji bioaktywnych, roli poszczególnych oddziaływań w energii wiązania leku, roli cząsteczek wody oraz roli entropii w procesie wiązania leku.

Zostanie przedstawiony typowy eksperyment vHTS (virtual high-throughput screening) i jego poszczególne składowe tj. dokowanie molekularne z przeglądem algorytmów i oprogramowania, wykorzystanie baz cząstek chemicznych, ocena konformacji ligand-receptor wykorzystując różnorodne metody oceny, macierz błędu, krzywe ROC, AUC oraz współczynnik wzbogacenia (enrichment factor). Oprócz tego, zostaną zaprezentowane metody uczenia maszynowego w projektowaniu leków, oraz metoda FEP (free energy perturbation) do dokładnego wyznaczania różnic w sile wiązania leków.

Omówione zostaną także metody stosowane w przypadku braku znajomości struktury celu molekularnego, oparte na właściwościach samych ligandów (farmakofor), projektowanie leków peptydowych i peptydomimetyków, oraz właściwości i projektowanie przeciwciał.
Literatura:

Literatura zalecana:

1. Graham L. Patrick, “An introduction to medicinal chemistry”, Oxford University Press, 2009; lub nowsza.

2. Graham L. Patrick, „Chemia medyczna. Podstawowe zagadnienia”, WNT, Warszawa, 2003; lub nowsza.
Efekty uczenia się:

Wiedza: student zna i rozumie główne metody stosowane przy projektowaniu leków. Zna ograniczenia poszczególnych metod, w zakresie ich dokładności i szybkości. Wykorzystuje swą wiedzę do wyboru właściwych metod, lub ich kombinacji, skierowanych na wybrane cele molekularne.

Umiejętności: student potrafi sformułować hipotezę badawczą, dokonywać krytycznej analizy wyników, oraz wnioskować na ich podstawie.

Kompetencje społeczne: student rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy; potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych, pokrewnych dziedzinach.
Metody i kryteria oceniania:

Wymagania związane z uczestnictwem w zajęciach - brak.

Dopuszczalna liczba nieobecności usprawiedliwionych – 1 na 7 wykładów.

Egzamin testowy z ok. 50% pytań zamkniętych i 50% pytań otwartych -

tak samo dla zaliczenia poprawkowego.

Wymagane minimum 50% poprawnych odpowiedzi do zaliczenia.
Praktyki zawodowe:

Nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Sławomir Filipek
Prowadzący grup: Sławomir Filipek
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-5 (2024-09-13)