Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Wprowadzenie do metod projektowania leków

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-2CHMMO1L1
Kod Erasmus / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Wprowadzenie do metod projektowania leków
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Moduł 1 Leki - od projektowania do wdrożenia (S2-PRK-CHM)
Punkty ECTS i inne: 2.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
chemia
fizyka
informatyka
matematyka
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe
Założenia (lista przedmiotów):

Modelowanie molekularne dla projektowania leków A - laboratorium 1200-1CHMMOAL6
Założenia (opisowo):

Znajomość podstawowych metod modelowania i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych.

Tryb prowadzenia:

w sali
Skrócony opis:

Na pracowni zostaną przedstawione i wyjaśnione różnorodne metody stosowane przy komputerowym wspomaganiu projektowania (odkrywania i optymalizacji) leków.
Pełny opis:

- Dokowanie molekularne; wykorzystanie baz cząstek chemicznych do dokowania, virtual screening.

- Ocena konformacji ligand-receptor, porównywanie energii wiązania. Metody oceny, macierz błędu, krzywe ROC oraz AUC oraz Współczynnik wzbogacenia (enrichment factor).

- Uczenie maszynowe w projektowaniu leków: zastosowanie, trening i walidacja metod.

- Projektowanie na podstawie znanych związków bądź cech (farmakofory), projektowanie analogów.

- Leki peptydowe, dokowanie do białek, projektowanie i dokowanie przeciwciał.

- Metoda FEP (free energy perturbation) wyznaczania różnic w sile wiązania leków.
Literatura:

---
Efekty uczenia się:

Student zna założenia metod stosowanych do projektowania leków oraz prawidłowo interpretuje uzyskane wyniki. Umie wybrać odpowiednią metodę do osiągnięcia zakładanego celu, oraz zna ograniczenia poszczególnych metod, w zakresie ich dokładności i szybkości. Potrafi komunikować się na tematy dotyczące projektowania leków w stopniu umożliwiającym aktywne uczestnictwo w środowisku naukowym.

Metody i kryteria oceniania:

Wymagania związane z uczestnictwem w zajęciach – brak.

Wymagane zaliczenie wszystkich ćwiczeń. W przypadku braku obecności na zajęciach, niezbędne jest zaliczenie ćwiczenia na pracowni dodatkowej.

Praktyki zawodowe:

Nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Sławomir Filipek
Prowadzący grup: Sławomir Filipek, Marcin Lorkowski, Przemysław Miszta
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-5 (2024-09-13)