Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wstęp do bioinformatyki i modelowania

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1100-5PM15 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Wstęp do bioinformatyki i modelowania
Jednostka: Wydział Fizyki
Grupy: ZFBM, II stopień; Biofizyka molekularna
ZFBM, II stopień; Projektowanie molekularne i bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 6.00
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biotechnologia
chemia
fizyka

Założenia (opisowo):

Zakładana jest znajomość matematyki, fizyki, chemii i biologii w zakresie programu studiów licencjackich.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Wykład poświęcony technikom modelowania komputerowego i analizy układów biomolekularnych. Poruszane w trakcie wykładu zagadnienia obejmują: mechanikę i dynamikę molekularną, elementy bioinformatyki oraz komputerowo wspomaganego projektowania leków.

Pełny opis:

Zagadnienia poruszane w toku wykładu:

A) mechanika molekularna

- pola siłowe

- modele pełnoatomowe i gruboziarniste

- energia potencjalna w polach siłowych

B) metody próbkowania przestrzeni konformacyjnej

- Monte Carlo

- dynamika molekularna

- metody rozszerzonego próbkowania

C) modelowanie środowiska biologicznego

- uproszczone modele środowiska wodnego

- efekty crowdingu w układach biologicznych

D) wybrane aspekty analizy symulacji molekularnych

- analiza struktury, dynamiki i termodynamiki układów

- symulacje komputerowe na tle danych eksperymentalnych

E) zagadnienia bioinformatyki

- porównywanie sekwencji białek

- przewidywanie struktur białek

F) komputerowo wspomagane projektowanie leków

- molekularne bazy danych

- przewidywanie oddziaływań ligand-receptor

- modele QSAR

Ćwiczenia z wykorzystaniem komputerów poświęcone będą praktycznym zastosowaniom wybranych metod prezentowanych w trakcie wykładów.

Nakład pracy studenta:

- wykład - 30 godzin

- ćwiczenia - 30 godzin

- przygotowanie do zajęć i rozwiązywanie zadań domowych - 30 godzin

- przygotowanie do egzaminu - 30 godzin

razem 120 godzin

Literatura:

1. Andrew Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications

2. Daan Frenkel, Berend Smit, Understanding molecular simulation

3. Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics

4. Mike Williamson, How proteins work

5. Aktualne odnośniki literaturowe podawane na wykładach.

Efekty uczenia się:

(WIEDZA) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student:

- ma podstawową wiedzę z zakresu modelowania molekularnego: mechaniki i dynamiki molekularnej, metod Monte Carlo (K_W02)

- zna podstawowe pojęcia z zakresu bioinformatyki i komputerowo-wspomaganego modelowania leków (K_W03, K_W07)

(UMIEJĘTNOŚCI) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student:

- potrafi dobrać metodę obliczeniową do postawionego przed nim problemu naukowego (K_U02)

- potrafi (w podstawowym zakresie) korzystać z wybranych narzędzi modelowania molekularnego oraz wybranych narzędzi bioinformatycznych (K_U03)

- potrafi korzystać z wybranych molekularnych baz danych (K_U04)

(KOMPETENCJE SPOŁECZNE) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student:

- rozumie istotę komplementarności technik eksperymentalnych i obliczeniowych współczesnej biofizyki (K_K03)

Metody i kryteria oceniania:

Dopuszczalna liczba nieobecności do zaliczenia przedmiotu: 2 na wykładzie i 2 na ćwiczeniach. Egzamin końcowy pisemny.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (zakończony)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-31
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Panecka-Hofman, Piotr Setny
Prowadzący grup: Joanna Panecka-Hofman, Piotr Setny
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Tryb prowadzenia:

zdalnie

Uwagi:

Egzamin końcowy ustny w formie zdalnej z powodu epidemii.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-10-01 - 2022-02-20

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Panecka-Hofman, Piotr Setny
Prowadzący grup: Joanna Panecka-Hofman
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.