Pracownia technik obliczeniowych S

Celem zajęć jest wykształcenie praktycznych umiejętności wymaganych do sprawnego wykonywania obliczeń i złożonych symulacji komputerowych. W szczególności dyskutowane będą następujące zagadnienia:

1. Środowisko pracy – powłoka systemu (shell), programy systemowe, praca zdalna, edytor tekstowy, system kontroli wersji. Przykładowe oprogramowanie:

- shell – bash, fish

- narzędzia POSIX

- praca zdalna – SSH, screen, tux, boy

- edytor tekstowy – vim, nano

- system kontroli wersji – Subversion

2. Przetwarzanie plików tekstowych przy pomocy narzędzi POSIX. Wyrażenia regularne. Ćwiczenia polegające na prostej analizie danych (np. przeszukiwanie bazy SCOP). Oprogramowanie:

- textutils

- sed

- awk

- Perl

- wyrażenia regularne w Pythonie

3. Automatyzacja obliczeń przy pomocy języków skryptowych. Ćwiczenia polegające na wykonywaniu obliczeń standardowymi narzędziami (bio)informatycznymi na dużym zbiorze danych. Oprogramowanie:

- język skryptowy – bash, Perl, Python

- przykładowe narzędzie – DSSP

4. Automatyzacja dostępu do zasobów internetowych. Automatyczne generowanie żądań HTTP typu GET i POST. Oprogramowanie:

- wget, curl

- httplib2

5. Klastry obliczeniowe. Systemy kolejkowe. Oprogramowanie:

- SLURM

6. Podział danych na zadania (paczki), w zależności od ich struktury – lista, macierz kwadratowa, górny trójkąt macierzy, macierz prostokątna. Ćwiczenia np. na podstawie porównywania struktur lub sekwencji białek. Opcjonalnie: dystrubucja zadań w strukturze master-slaves w środowisku MPI. Oprogramowanie:

- mpi4py

7. Analiza wyników obliczeń. Przekształcanie plików tekstowych. Format CSV. Obróbka danych w środowisku Mathematica.

8. Przygotowywanie publikacji naukowych. Zagadnienia związane ze składem tekstu, formatami graficznymi, rozdzielczością. Generowanie ilustracji (wizualizacja struktur molekularnych, wykresy). Oprogramowanie:

- LaTeX

- Mathematica (wykresy)

- PyMol

9. Instalowanie oprogramowania naukowego. Zależności. Instalowanie bibliotek. Kompilacja. Oprogramowanie:

- yum, apt

- GCC

- GNU Make

- Python Setuptools

10. Zagadnienia zaproponowane przez studentów (np. związane z technicznymi aspektami wieloskalowych symulacji w ramach przygotowywanych prac dyplomowych).