Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Pracownia technik obliczeniowych S

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1100-3BP25
Kod Erasmus / ISCED: 13.2 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0533) Fizyka Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Pracownia technik obliczeniowych S
Jednostka: Wydział Fizyki
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Pełny opis:

Celem zajęć jest wykształcenie praktycznych umiejętności wymaganych do sprawnego wykonywania obliczeń i złożonych symulacji komputerowych. W szczególności dyskutowane będą następujące zagadnienia:

1. Środowisko pracy – powłoka systemu (shell), programy systemowe, praca zdalna, edytor tekstowy, system kontroli wersji. Przykładowe oprogramowanie:

- shell – bash, fish

- narzędzia POSIX

- praca zdalna – SSH, screen, tux, boy

- edytor tekstowy – vim, nano

- system kontroli wersji – Subversion

2. Przetwarzanie plików tekstowych przy pomocy narzędzi POSIX. Wyrażenia regularne. Ćwiczenia polegające na prostej analizie danych (np. przeszukiwanie bazy SCOP). Oprogramowanie:

- textutils

- sed

- awk

- Perl

- wyrażenia regularne w Pythonie

3. Automatyzacja obliczeń przy pomocy języków skryptowych. Ćwiczenia polegające na wykonywaniu obliczeń standardowymi narzędziami (bio)informatycznymi na dużym zbiorze danych. Oprogramowanie:

- język skryptowy – bash, Perl, Python

- przykładowe narzędzie – DSSP

4. Automatyzacja dostępu do zasobów internetowych. Automatyczne generowanie żądań HTTP typu GET i POST. Oprogramowanie:

- wget, curl

- httplib2

5. Klastry obliczeniowe. Systemy kolejkowe. Oprogramowanie:

- SLURM

6. Podział danych na zadania (paczki), w zależności od ich struktury – lista, macierz kwadratowa, górny trójkąt macierzy, macierz prostokątna. Ćwiczenia np. na podstawie porównywania struktur lub sekwencji białek. Opcjonalnie: dystrubucja zadań w strukturze master-slaves w środowisku MPI. Oprogramowanie:

- mpi4py

7. Analiza wyników obliczeń. Przekształcanie plików tekstowych. Format CSV. Obróbka danych w środowisku Mathematica.

8. Przygotowywanie publikacji naukowych. Zagadnienia związane ze składem tekstu, formatami graficznymi, rozdzielczością. Generowanie ilustracji (wizualizacja struktur molekularnych, wykresy). Oprogramowanie:

- LaTeX

- Mathematica (wykresy)

- PyMol

9. Instalowanie oprogramowania naukowego. Zależności. Instalowanie bibliotek. Kompilacja. Oprogramowanie:

- yum, apt

- GCC

- GNU Make

- Python Setuptools

10. Zagadnienia zaproponowane przez studentów (np. związane z technicznymi aspektami wieloskalowych symulacji w ramach przygotowywanych prac dyplomowych).

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)