Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Wstęp do bioinformatyki część II

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1100-3BP22
Kod Erasmus / ISCED: 11.953 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0619) Komputeryzacja (inne) Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Wstęp do bioinformatyki część II
Jednostka: Wydział Fizyki
Grupy: ZFBM - Projektowanie molek. i bioinformatyka; przedmioty dla III roku
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Wykład oraz towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów.

Pełny opis:

Treść kształcenia: Przegląd podstawowych baz danych, algorytmów i narzędzi informatycznych  służących do operacji na sekwencjach nukleotydowych i białkowych. Zaawansowane metody porównywania jednej oraz wielu sekwencji z elementami ewolucji molekularnej. Analiza, porównywanie i adnotacja sekwencji genomowych.

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów. Ramowy program jest następujący:

1. Struktury biopolimerów. Grafika molekularna – narzędzia

2. Metody symulacji (MM, MC, MD, BD, etc)

3. Zwijanie białek (jako proces)

4. Modelowanie struktur białek

5. Oddziaływania białko-białko i sieci oddziaływań

6. Podstawy projektowania leków.

7. OMIKi i analiza danych eksperymentalnych pochodzących z –omik

8. Literature mining

9. Systems biology (idea)

10. Analiza informacji obrazowej

Literatura:

Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsner

DNA. Tajemnica życia, J. D. Watson i A. Berry, wyd: CiS oraz W.A.B, Warszawa, 2005 (ISBN 83-7414-007-0)

DNA. The secret of life, J. D. Watson and A. Berry, wyd: A. F. Knopf, New York, 2003 (ISBN 0-375-41546-7)

Efekty uczenia się:

Efekty kształcenia, umiejętności i kompetencje: Studenci biegle i ze zrozumieniem posługują się podstawowymi narzędziami bioinformatycznymi dostępnymi w pakietach programów oraz w postaci serwisów internetowych.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Ćwiczenia, 45 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Wykład, 15 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Siedlecki, Piotr Zielenkiewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Wykład - Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.1.0-2 (2024-02-19)