Praktyka programowania

obowiązkowe

Znajomość podstaw Pythona.

​Przypomnienie podstaw języka Python. Przetwarzanie plików z danymi. Podstawy analizy danych i tworzenie wykresów. Przykłądy analizy struktur i sekwencji biopolimerów oraz innych danych biofizycznych.

1. Przypomnienie podstaw Pythona.

2. Wstęp do analizy danych z wykorzystaniem pandas.

3 Wykresy w matplotlib i seaborn.

4. Wstęp do Biopythona.

5. Integracja PyMOLa z Pythonem.

6. Analiza trajektorii dynamiki molekularnej z MDAnalysis.

7. Inne pakiety przydatne w przetwarzaniu danych w biofizyce.

Student otrzyma niezbędne materiały na zajęciach.

Inne źródła:

Dokumentacja Pythona

Python Tutorial

Python dla każdego. Podstawy programowania, Michael Dawson

Python. Wprowadzenie, Mark Lutz

Python. Leksykon kieszonkowy, Mark Lutz

Python podstawy - zadania

Po ukończeniu kursu student posiada podstawową wiedzę z zakresu programowania w Pythonie oraz analizy danych przy użyciu bibliotek takich jak pandas, matplotlib i seaborn. Zna narzędzia bioinformatyczne, takie jak Biopython, oraz potrafi integrować PyMOL z Pythonem. Student potrafi analizować dane biofizyczne przy użyciu omawianych specjalistycznych modułów Pythona.

Zasady zaliczenia:

- można mieć dwie nieusprawiedliwione nieobecności,

- aktywność na zajęciach i prace domowe,

- projekt końcowy i rozmowa na temat projektu (kolokwium końcowe).

Ocena końcowa zostanie wystawiona na podstawie punktów za aktywność na zajęciach (40%) i projektu końcowego z rozmową na jego temat (60%).