Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna, biofizyka

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1100-3BB14
Kod Erasmus / ISCED: 13.203 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0533) Fizyka Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna, biofizyka
Jednostka: Wydział Fizyki
Grupy: ZFBM, II stopień; Biofizyka molekularna
Punkty ECTS i inne: 4.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Założenia (opisowo):

Zakres wiedzy z Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku uznawany przez prowadzącego za podstawowy: znajomość edytora vi lub vim, podstawowe polecenia powłokowe (1.metaznaki (*,? i [...] oraz rozwijające nazwy ścieżek); 2.wyrażenia regularne (znak kropki, symbole: $, ^,*,[] i [^], {m,n}, (...), operatory rozszerzające w egrep i awk); 3.filtry (polecenia: grep, egrep, fgrep, cut, sort, uniq, tr, edytor strumieniowy sed, filtr tekstowy awk); 4.przeadresowania wejścia-wyjścia (operator: >, <, >>, <<[-]ogr, 2>, 2>&1, zmienna noclobber), 4.potoki (polecenie tee))- polecana książka "Linux Komendy i polecenia Praktyczne przykłady" K. Lal, T.Rak.

Zakres wiedzy ze znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów - Biochemia L. Stryer.


Pełny opis:

Treści kształcenia:

Od sekwencji i struktury białek do ich dynamiki i funkcji. Przegląd podstawowych metod analizy sekwencji i struktury białek. Przewidywanie struktury białek metodami homologicznego modelowania. Podstawy metod mechaniki i dynamiki molekularnej oraz ich zastosowań w badaniach struktury i dynamiki z wykorzystaniem popularnych pakietów molekularnego modelowania. Fizyka oddziaływań białek z niskocząsteczkowymi ligandami. Wykorzystanie wybranego, popularnego pakietu modelowania w procesach dockingu. Na pracowni wykorzystywane będą m.in. ogólnie dostępne pakiety NAMD/VMD oraz AutoDock jak również komercyjne pakiety oprogramowania: MOE i/lub Schrodinger, Molecular Conceptor, Accelrys i/lub Tripos.

Literatura:

Tutarial do MOE (file:///c:/program%20files/moe/html/tutorials/moetour.html)

Tutorial do VMD i NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/)

Tutorial do Yasara

Materiały z wykładów

Wykłady Molecular Conceptora - dostępne na komputerach w pracowni

Efekty uczenia się:

umiejętności i kompetencje:

Nauczenie studentów podstaw modelowania matematycznego i komputerowego układów biomolekularnych, ich dynamiki oraz symulacji wybranych procesów regulacyjnych, z wykorzystaniem metod mechaniki i dynamiki molekularnej, metod Monte-Carlo, modeli pól molekularnych oraz podstaw teorii systemów. Studenci zapoznają się ze znanymi i popularnymi pakietami modelowania i projektowania molekularnego jak również z technologią wirtualnej rzeczywistości. Wykład i ćwiczenia przygotują słuchaczy do samodzielnego modelowania układów biomolekularnych, oraz projektowania inhibitorów enzymów – potencjalnych leków.

Metody i kryteria oceniania:

Wykład kończy się egzaminem na ocenę, który odbywa się na ostatnich zajęciach. Do egzaminu może podejść każdy student, który ma zaliczony raport pierwszy i zaliczył kartkówki z ćwiczeń (max. 5) Egzamin jest w formie testu. Pytania testowe są w formie otwartej, a ilość pytań jest uzależniona od stopnia ich trudności. Za cały test można uzyskać 100pkt. Zalicza ponad 50% pkt. Otrzymanie wpisu jest uwarunkowane oddaniem wszystkich (3) raportów z ćwiczeń (poprawnie napisanych), i następuje w chwili ich oddania, ale nie później niż do końca semestru. Ćwiczenia są prowadzone w formie praktycznej i są zintegrowane z treścią wykładów. Po każdym ćwiczeniu należy oddać raport. Raporty są oceniane w zakresie 2-6. Raporty wysyła się na adres e-mail prowadzącego, wpisując w temacie "raport X" (gdzie X= 1,2,3 lub I, II, III). Prowadzący po sprawdzeniu raportu przesyła wiadomość o jego zaliczeniu ( z podaniem oceny) lub poprawie (z wypunktowaniem błędów). Pierwsza poprawa raportu jest bez wpływu na ocenę z niego. Poprawiony raport jest oceniany. Termin oddania raportu ustala prowadzący. Nieoddanie raportu w terminie powoduje o obniżenie o ocenę w dół za każdy pełny tydzień zwłoki. Na poprawę raportu jest dwa tygodnie. Jeśli student otrzyma z raportów nie więcej niż jedną 4, a z pozostałych 5 lub 6, zostanie mu podwyższona ocena z przedmiotu o jeden stopień w górę. Jeśli student z raportu otrzyma tylko jedną 2 będzie musiał przystąpić do zaliczenia części materiału, którą obejmuje raport. Zaliczenie jest w formie praktycznej. Jeśli otrzyma więcej niż jedną 2 z raportów, zaliczenie będzie obejmowało cały materiał. Zaliczenia te odbywają się w czasie sesji egzaminacyjnej. Prowadzący wymaga znajomości podstaw Linuxa (część wymagań z programu Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku) i zakłada, że studenci taką wiedzę posiadają. Studenci mogą oczekiwać, krótkich kartkówek na ćwiczeniach z materiału wykładu i odbytych ćwiczeń. Kartkówki będą zapowiadane. Pierwsza kartkówka odbywa się zawsze na 3 ćwiczeniach i dotyczy znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów. Kartkówki są na zaliczenie, nie na ocenę, a ich zaliczenie jest warunkiem dopuszczenia do egzaminu z przedmiotu.

Praktyki zawodowe:

Praktyki można odbyć w CD BioExploratorium i w Laboratorium Biomodelowania IMDiK im. Mossakowskiego

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (zakończony)

Okres: 2021-10-01 - 2022-02-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Ćwiczenia, 30 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Wykład, 30 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Krystiana Krzyśko
Prowadzący grup: Krystiana Krzyśko
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Wykład - Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/23" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2022-10-01 - 2023-01-29
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Ćwiczenia, 30 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Wykład, 30 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Krystiana Krzyśko
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Wykład - Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 55 32 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 6.8.0.0-1 (2022-08-01)