Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Genomika porównawcza

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-719GP2
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genomika porównawcza
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obieralne dla informatyki
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe
Skrócony opis:

Celem wykładu jest zapoznanie studenta wybranymi z modelami, algorytmami i narzędziami stosowanymi w genomice porównawczej ze szczególnym uwzględnieniem drzew i ich zastosowaniem w różnych kontekstach. Planowane ćwiczenia będą częściowo formie laboratorium komputerowego.
Pełny opis:

1. Podstawowe pojęcia: geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji.

2. Modele ewolucji sekwencji.

3. Inferencja drzew: maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów.

4. Metody bayesowskie.

5. Klastrowanie sekwencji molekularnych.

6. Metody klastrowania hierarchicznego.

7. Bootstrapping.

8. Metody konsensusowe.

9. Superdrzewa.

10. Drzewa uzgadniające.

11. Sieci filogenetyczne.
Literatura:

1. Joseph Felsenstein, Inferring Phylogenies

2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatics and Molecular Evolution

3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis.
Efekty uczenia się:

ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)

potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)
Metody i kryteria oceniania:

Projekt lab – razem 33 pkt. (wymagane 15)

Bonusy lab za zadania realizowane na labach – łącznie do 10 pkt.

Egzamin - 60 pkt.

Poziom zaliczenia - ok. 60 pkt.

Termin zerowy jeśli jest zaliczony projekt lab i >=50% bonusów lab.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)

Okres: 2024-10-01 - 2025-01-26
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-7 (2024-10-21)