Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Architektura dużych projektów bioinformatycznych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-717ADP
Kod Erasmus / ISCED: 11.954 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0619) Komputeryzacja (inne) Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Architektura dużych projektów bioinformatycznych
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Strona przedmiotu: https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
informatyka
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe
Założenia (opisowo):

Umiejętność programowania w pythonie

Podstawy bioinformatyki
Tryb prowadzenia:

w sali
Skrócony opis:

Zapoznanie się ze strukturą większych projektów bioinformatycznych. Studenci tworzą wspólnie większy projekt, zapoznają się z systemami kontroli wersji i współpracy w zespole. Omawiają historię powstania i rozwoju wiodących bibliotek oprogramowania bioinformatycznego. Dyskutują na temat możliwych opcji wyboru licencji pod jaką oprogramowanie jest udostępniane. Omawiają rolę oprogramowania o dostępnym kodzie źródłowym dla reprodukowalności wyników badań.
Pełny opis:

Formaty danych w bioinformatyce.

Projekty Bioperl, Biopython i podobne.

Najważniejsze bioinformatyczne bazy danych (UniProt, PDB, RefSeq, GenBank, ENA, InterPro i inne).

Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Patentowanie.

Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge.

Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów.

Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD). BioMart i BioMoby.

Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online.

Systemy obliczeniowe o dużej wydajności (ang. High-performance computing, HPC)

Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna. Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment.

Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter
Literatura:

Materiały do wykładu na stronie www:

https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/
Efekty uczenia się:

- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01)

- ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02)

- ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11)

- potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03)

- umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04)

- potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05)
Metody i kryteria oceniania:

oceny z prac domowych związanych z poszczególnymi laboratoriami oraz zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Kozłowski
Prowadzący grup: Łukasz Kozłowski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2024/25" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2025-02-17 - 2025-06-08
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Kozłowski
Prowadzący grup: Łukasz Kozłowski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-7 (2024-10-21)