Wolne oprogramowanie w nauce

fakultatywne

Celem przedmiotu jest przystępne zaznajomienie studentek i studentów z:

– systemem profesjonalnego przygotowywania dokumentów tekstowych (LaTeX).

– wierszem poleceń (bash) systemu linux, szczególnie z tym jak przyśpiesza i usprawnia codzienną pracę z plikami i katalogami.

Umiejętności zdobyte podczas kursu są cenne niezależnie od późniejszej ścieżki kariery studentów i studentek.

Zajęcia w sali są wspomagane przestrzenią kursową w serwisie kampus2. W niej zamieszczane będą pomocnicze nagrania i ćwiczenia a także materiały dodatkowe.

W razie potrzeby zapewnione będą konsultacje on-line.

Na zajęciach korzystamy głownie z aplikacji webowych – zapewnia to studentkom i studentom stały dostęp do omawianego materiału.

w sali

Wolne Oprogramowanie (Free / Libre Software) jest otwarte na modyfikacje przez użytkownika i darmowe. Dlatego jest aktywnie rozwijane (m.in. w środowisku akademickim) w odpowiedzi na bieżące potrzeby i nowe technologie. WO to szeroki wachlarz programów, od pakietu biurowego libreoffice do profesjonalnych aplikacji naukowych, np. EMBL Exonerate.

Tematyka zajęć

tl;dr

LaTeX: kod źródłowy, rodzaje dokumentów, rozszerzenia, obrazki, tabele, bibliografia, dokumenty wielojęzyczne, prezentacje.

Wiersz poleceń: modyfikacje baz danych, praca z plikami i katalogami, przyśpieszanie codziennych czynności, zarządzanie informacją.

LaTeX

1. Dokument w formie kodu źródłowego – lepszy niż *.docx

Korzystanie z LaTeX'a on-line, instalacja w systemie Linux i Windows. Kod źródłowy – struktura i kompilacja do pdf. Rozszerzenia systemu LaTeX. Klasy dokumentów. Pierwszy dokument.

2. Modyfikacja obrazów bezpośrednio w dokumencie.

Wstawianie plików graficznych. Automatyczne pozycjonowanie. Obrazki opływane przez tekst. Odwołania do obrazków.

3. Dokument na każdą okazję.

Standardowe rozmiary papieru. Książka, artykuł, CV... Układ dokumentu, marginesy, odstępy, dokumenty jedno- i dwustronne. Wzory matematyczne.

4. Tabela z excela w dokumencie LaTeX

Tworzenie tabel: prostych, wielostronicowych, pionowych. Układ logiczny tabeli. Automatyczne pozycjonowanie.

5. Poza język angielski – lokalizacja LaTeX'a

Autokorekta. Dokument po polsku, reguły typograficzne. Kodowanie tekstu a znaki diakrytyczne. Dokument wielojęzyczny. Cyrylica.

6. Bibliografia jest prosta w LaTeX'u

System wbudowany vs pakiety. Baza bibliografii. Pobieranie cytowań z baz danych on-line. Lokalizacja językowa spisu literatury. Style cytowania z czasopism naukowych.

7. Rysowanie w LaTeX'u

Schematy kolorystyczne. Pakiet graficzny PGF/TikZ – rysunki i wykresy. Generowanie kodu wykresów w programie geogebra.

8. Prezentacje multimedialne – szybko i elegancko

Pakiet beamer, style. Dobre praktyki. Notatki i handouts. Rysowanie cząsteczek chemicznych.

Linux

9. Wolne Oprogramowanie, historia i założenia.

Fundacja Wolnego Oprogramowania (FSF). Free Software vs Open-source software, rodzaje licencji.

Wiersz poleceń systemu Linux – po co?. Nawigacja w systemie plików. Usprawnianie pracy w trybie tekstowym.

10. Korzystanie z linux'a bez instalacji.

Linux, wprowadzenie, różnorodność, uruchamianie z pendrive, opcje instalacji. Zarządzanie programami. Linux jako system do zastosowań profesjonalnych.

Wiersz poleceń – zarządzanie plikami, kopie zapasowe danych. Łączenie poleceń w sekwencje – potoki (pipes).

11. Baza danych w pliku tekstowym.

Sortowanie i łączenie plików. Tworzenie podzbiorów, w tym losowych. Wybieranie kolumn.

12. Wyszukiwanie tekstu w pliku i rekursywne w plikach – grep. Wyrażenia regularne (regex).

13. Zamiana tekstu w plikach – sed. Wyszukiwanie plików i katalogów wg złożonych warunków. Pliki: porównywanie, pobieranie z internetu, archiwizacja i kompresja, weryfikacja poprawności (sumy kontrolne).

14. Operacje na bazach danych

Program awk jako arkusz kalkulacyjny. Operacje matematyczne, wybór wierszy wg warunków logicznych. Porównania wartości pól. Kalkulator bc.

15. Wiersz poleceń – poza podstawy

Łączenie poleceń w skrypty shella. Zarządzanie projektem – system kontroli wersji plików git i serwis GitHub.

1. Barnett B., The Grymoire – home for UNIX wizards, www.grymoire.com/Unix/

2. Goyvaerts J., Regular expressions, www.regular-expressions.info/

3. Kopka H., Daly P.W., 2003. Guide to LaTeX, 4th edition, Addison-Wesley Longman Publishing Co., Inc., USA

4. Shotts W.E., Jr, The Linux Command Line, linuxcommand.org/tlcl.php/tlcl.php

5. Tobias Oetiker and Contributors, lshort – A short introduction to LaTeX2e, ctan.org/tex-archive/info/lshort

6. Wikibooks contributors, LaTeX, Wikibooks, https://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX

Wiedza

Po opanowaniu materiału objętego ćwiczeniami studentka/student:

Ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich.

Zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania.

Zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce.

Umiejętności

Po opanowaniu materiału objętego ćwiczeniami student/studentka:

Tworzy pod kierunkiem opiekuna oraz samodzielnie właściwie udokumentowane opracowania.

Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych.

Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł.

Kompetencje społeczne

Po opanowaniu materiału objętego ćwiczeniami studentka/student:

Rozumie potrzebę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych.

Rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.

Rozumie wagę Wolnego Oprogramowania we współczesnym świecie.

Zaliczenie ćwiczeń na podstawie sumy punktów z

– zadań dotyczących wiersza poleceń;

– zadań dotyczących systemu LaTeX;

– aktywności na ćwiczeniach.

Nie