Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Principles and methods of taxonomy

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-215MTAKS
Kod Erasmus / ISCED: 13.104 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0511) Biologia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Principles and methods of taxonomy
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU
Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 3.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
ochrona środowiska

Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Celem wykładu jest omówienie podstaw oraz głównych metod taksonomii oraz pokazanie problemów badawczych w biologii, przede wszystkim biologii ewolucyjnej, które są rozwiązywane za pomocą tych metod. Wykład obejmuje takie zagadnienia, jak rola systematyki w naukach biologicznych; zasady nomenklatury; pojęcie gatunku; metody największej parsymonii, największej wiarygodności i bayesowskie w taksonomii molekularnej; szacowanie wewnętrznego wsparcia gałęzi drzewa; metody filogenetyczne w biogeografii, ekologii i ochronie przyrody; wybrane zagadnienia z systematyki bakterii, protistów, grzybów, roślin i zwierząt.

Pełny opis:

Na wykładzie omawiane są zasady systematyki biologicznej (w tym zagadnienia nomenklatury) i metody taksonomiczne (filogenetyczne), bazujące głównie na danych molekularnych, a także zastosowanie tych metod w różnych gałęziach biologii, od molekularnej do środowiskowej, w tym i zastosowania praktyczne, np. w ochronie zagrożonych gatunków. Wykład obejmuje opisane poniżej zagadnienia.

• Definicja taksonomii, prognostyczność. Taksony i rangi taksonomiczne, nomenklatura biologiczna.

• Gatunek w systematyce – pojęcia gatunku morfologicznego, biologicznego, filogenetycznego i historycznego, problemy z definicją (gatunek u organizmów jednorodzicielskich, gatunki polimorficzne itd.).

• Systematyka biologiczna a ewolucja – drzewa odległościowe (fenogramy) i drzewa filogenetyczne (kladogramy) a rzeczywiste drzewa rodowe organizmów. Podstawowe źródła informacji służące rekonstrukcji drzew rodowych organizmów: dane paleontologiczne i współczesne dane o zmienności organizmów.

• Taksonomia fenetyczna (fenetyka) – zasada wszechstronnego podobieństwa i "taksonomia neoadansonowska". Macierz danych, miary odległości i metody skupiania. Drzewa fenetyczne a filogeneza organizmów.

• Taksonomia filogenetyczna (kladystyka) – podstawowe terminy i założenia (apo- i plezjomorfia, homoplazja, mono-, para- i polifiletyzm). Zasada parsymonii. Strefa Felsensteina.

• Metody największej wiarygodności i bayesowskie w filogenetyce molekularnej. Modele substytucji nukleotydów.

• Metody oceny stabilności drzew filogenetycznych i wnioskowanie taksonomiczne.

• Wybrane zagadnienia z taksonomii bakterii protistów, grzybów, roślin i zwierząt.

• Taksonomia molekularna w ochronie przyrody: szacowanie różnorodności biologicznej i ochrona gatunkowa.

Literatura:

W. Hennig. 1965. Phylogenetic systematics. Annual Review of Entomology 10(1): 97–116.

J. Felsenstein. 1978. Cases in which parsimony and compatibility methods will be positively misleading. Systematic Zoology 27: 401–410.

E. Mayr. 1982. The growth of biological thought. Diversity, evolution, and inheritance. Harvard University Press, Cambridge, Mass. xiv, 974 pp.

E. Mayr & W. Bock. 2002. Classifications and other ordering systems. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 40 (4): 169–194.

Avise J.C. 2004. Molecular markers, natural history, and evolution. Sinauer, Sunderland (MA), USA. 2nd edition.

B.G. Hall. 2017. Phylogenetic trees made easy. A how-to manual. 5th edition. Oxford University Press, Oxford, 368 pp.

Efekty uczenia się:

Wiedza: student

1) przedstawia rolę systematyki w biologii oraz znaczenie metod taksonomicznych w biologii ewolucyjnej (K_W07 Bi2, K_W08 Bi2);

2) zna i porównuje metody szacowania filogenezy, opisując ich założenia oraz wskazując przyczyny ewentualnej niespójności (K_W09 Bi2).

Umiejętności: student

3) uzasadnia wybór markera molekularnego i metody odpowiednich do rozwiązania określonego problemu badawczego (K_U01 Bi2);

4) czyta ze zrozumieniem prace w języku angielskim z dziedziny taksonomii i biologii ewolucyjnej, w których wykorzystuje się metody filogenetyczne (K_U03 Bi2);

5) analizuje drzewa filogenetyczne i odczytuje z nich informacje (K_U04 Bi2);

6) przedstawia zastosowanie metod filogenetycznych w rozwiązywaniu wybranych problemów badawczych w biologii ewolucyjnej, systematyce i biogeografii oraz określa praktyczne aspekty takich badań, przede wszystkim w ochronie zagrożonych gatunków (K_U08 Bi2);

7) prezentuje wybrany temat taksonomiczny w postaci wystąpienia ustnego po angielsku (K_U11 Bi2).

Metody i kryteria oceniania:

Egzamin w postaci seminarium, na którym studenci przedstawiają opracowany w uzgodnieniu z wykładowcą temat, związany z metodyką taksonomii. Jeśli liczba studentów przekroczy 12 osób, egzamin może być pisemny, składający się z zadań zamkniętych wielokrotnego wyboru, z progiem zaliczenia 60%.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Spalik
Prowadzący grup: Krzysztof Spalik
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Wykład - Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.
ul. Pasteura 5, 02-093 Warszawa tel: +48 22 5532 000 https://www.fuw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)