Principles and methods of taxonomy
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1400-215MTAKS |
Kod Erasmus / ISCED: |
13.104
|
Nazwa przedmiotu: | Principles and methods of taxonomy |
Jednostka: | Wydział Biologii |
Grupy: |
Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
Punkty ECTS i inne: |
3.00
|
Język prowadzenia: | angielski |
Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Tryb prowadzenia: | w sali |
Skrócony opis: |
Celem wykładu jest omówienie podstaw oraz głównych metod taksonomii oraz pokazanie problemów badawczych w biologii, przede wszystkim biologii ewolucyjnej, które są rozwiązywane za pomocą tych metod. Wykład obejmuje takie zagadnienia, jak rola systematyki w naukach biologicznych; zasady nomenklatury; pojęcie gatunku; metody największej parsymonii, największej wiarygodności i bayesowskie w taksonomii molekularnej; szacowanie wewnętrznego wsparcia gałęzi drzewa; metody filogenetyczne w biogeografii, ekologii i ochronie przyrody; wybrane zagadnienia z systematyki bakterii, protistów, grzybów, roślin i zwierząt. |
Pełny opis: |
Na wykładzie omawiane są zasady systematyki biologicznej (w tym zagadnienia nomenklatury) i metody taksonomiczne (filogenetyczne), bazujące głównie na danych molekularnych, a także zastosowanie tych metod w różnych gałęziach biologii, od molekularnej do środowiskowej, w tym i zastosowania praktyczne, np. w ochronie zagrożonych gatunków. Wykład obejmuje opisane poniżej zagadnienia. • Definicja taksonomii, prognostyczność. Taksony i rangi taksonomiczne, nomenklatura biologiczna. • Gatunek w systematyce – pojęcia gatunku morfologicznego, biologicznego, filogenetycznego i historycznego, problemy z definicją (gatunek u organizmów jednorodzicielskich, gatunki polimorficzne itd.). • Systematyka biologiczna a ewolucja – drzewa odległościowe (fenogramy) i drzewa filogenetyczne (kladogramy) a rzeczywiste drzewa rodowe organizmów. Podstawowe źródła informacji służące rekonstrukcji drzew rodowych organizmów: dane paleontologiczne i współczesne dane o zmienności organizmów. • Taksonomia fenetyczna (fenetyka) – zasada wszechstronnego podobieństwa i "taksonomia neoadansonowska". Macierz danych, miary odległości i metody skupiania. Drzewa fenetyczne a filogeneza organizmów. • Taksonomia filogenetyczna (kladystyka) – podstawowe terminy i założenia (apo- i plezjomorfia, homoplazja, mono-, para- i polifiletyzm). Zasada parsymonii. Strefa Felsensteina. • Metody największej wiarygodności i bayesowskie w filogenetyce molekularnej. Modele substytucji nukleotydów. • Metody oceny stabilności drzew filogenetycznych i wnioskowanie taksonomiczne. • Wybrane zagadnienia z taksonomii bakterii protistów, grzybów, roślin i zwierząt. • Taksonomia molekularna w ochronie przyrody: szacowanie różnorodności biologicznej i ochrona gatunkowa. |
Literatura: |
W. Hennig. 1965. Phylogenetic systematics. Annual Review of Entomology 10(1): 97–116. J. Felsenstein. 1978. Cases in which parsimony and compatibility methods will be positively misleading. Systematic Zoology 27: 401–410. E. Mayr. 1982. The growth of biological thought. Diversity, evolution, and inheritance. Harvard University Press, Cambridge, Mass. xiv, 974 pp. E. Mayr & W. Bock. 2002. Classifications and other ordering systems. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 40 (4): 169–194. Avise J.C. 2004. Molecular markers, natural history, and evolution. Sinauer, Sunderland (MA), USA. 2nd edition. B.G. Hall. 2017. Phylogenetic trees made easy. A how-to manual. 5th edition. Oxford University Press, Oxford, 368 pp. |
Efekty uczenia się: |
Wiedza: student 1) przedstawia rolę systematyki w biologii oraz znaczenie metod taksonomicznych w biologii ewolucyjnej (K_W07 Bi2, K_W08 Bi2); 2) zna i porównuje metody szacowania filogenezy, opisując ich założenia oraz wskazując przyczyny ewentualnej niespójności (K_W09 Bi2). Umiejętności: student 3) uzasadnia wybór markera molekularnego i metody odpowiednich do rozwiązania określonego problemu badawczego (K_U01 Bi2); 4) czyta ze zrozumieniem prace w języku angielskim z dziedziny taksonomii i biologii ewolucyjnej, w których wykorzystuje się metody filogenetyczne (K_U03 Bi2); 5) analizuje drzewa filogenetyczne i odczytuje z nich informacje (K_U04 Bi2); 6) przedstawia zastosowanie metod filogenetycznych w rozwiązywaniu wybranych problemów badawczych w biologii ewolucyjnej, systematyce i biogeografii oraz określa praktyczne aspekty takich badań, przede wszystkim w ochronie zagrożonych gatunków (K_U08 Bi2); 7) prezentuje wybrany temat taksonomiczny w postaci wystąpienia ustnego po angielsku (K_U11 Bi2). |
Metody i kryteria oceniania: |
Egzamin w postaci seminarium, na którym studenci przedstawiają opracowany w uzgodnieniu z wykładowcą temat, związany z metodyką taksonomii. Jeśli liczba studentów przekroczy 12 osób, egzamin może być pisemny, składający się z zadań zamkniętych wielokrotnego wyboru, z progiem zaliczenia 60%. |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)
Okres: | 2023-10-01 - 2024-01-28 |
Przejdź do planu
PN WYK
WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Wykład, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Krzysztof Spalik | |
Prowadzący grup: | Krzysztof Spalik | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Wykład - Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.