Wstęp do biologii obliczeniowej
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1000-2N03BO |
Kod Erasmus / ISCED: |
11.303
|
Nazwa przedmiotu: | Wstęp do biologii obliczeniowej |
Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki |
Grupy: |
Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka Przedmioty obieralne dla informatyki Przedmioty obieralne fakultatywne dla informatyki (IIIr. licencjatu, nowy program) Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
Punkty ECTS i inne: |
6.00
|
Język prowadzenia: | angielski |
Rodzaj przedmiotu: | monograficzne |
Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zapoznanie studentów z tematyką intensywnie rozwijanej ostatnio dziedziny jaką jest molekularna biologia obliczeniowa. Na wykładzie zostanie położony nacisk na metody algorytmiczne analizy danych genetycznych oraz modele matematyczne stosowane w opisie zjawisk molekularnych. Wykład umożliwi udział w innych zajęciach monograficznych z tej dziedziny proponowanych na wydziale i ewentualne zaangażowanie się w prowadzone projekty badawcze. W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku. |
Pełny opis: |
1. Wprowadzenie "biologiczne": podstawowe wiadomości na temat biologii molekularnej; budowa kwasów nukleinowych i białek; główne procesy zachodzące w komórce (2 wykłady). 2. Analiza sekwencji molekularnych: algorytmy uliniowienia dwóch sekwencji (uliniowienie lokalne i globalne) (2 wykłady). 3. Matematyczne modele ewolucji molekularnej: Model Jukes-Cantora, Kimury dla sekwencji DNA, tablice substytucyjne aminokwasów dla białek: PAM, BLOSUM, statystyczna istotność uliniowień (3 wykłady). 4. Ukryte modele Markowa i ich zastosowania - algorytmy Viterbiego I Bauma Welsha. (2 wykłady). 5. Uliniowienie wielu sekwencji (programowanie dynamiczne, `star alignment', `tree alignment'), efektywne heurystyki: CLUSTALW, Tcoffee, MAFFT. (2 wykłady). 6. Uliniowienie na skalę całych genomów. (1 wykład). 7. Wstęp do filogenetyki. (2 wykłady). W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku. |
Literatura: |
1. A. Malcolm Campbell. Laurie J. Heyer, Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics, Pearson Education 2003. 2. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, Cambridge Univ. Press, 1997. 3. P. Pevzner, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2000. 4. Ewens, W.J. , Grant, G., Statistical Methods in Bioinformatics, Springer 2001. |
Efekty uczenia się: |
Wiedza: 1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej. 2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych. Umiejętności: 1. Potrafi wykonać proste analizy bioinformatyczne dla sekwencji molekularnych. 2. Potrafi wykorzystywać zaawansowane narzędzia bioinformatyczne. Kompetencje: 1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01) 2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05) 3. Potrafi korzystać z interdyscyplinarnej literatury |
Metody i kryteria oceniania: |
Projekty zaliczeniowe, kolokwium, Egzamin ustny. |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (zakończony)
Okres: | 2024-02-19 - 2024-06-16 |
Przejdź do planu
PN WT WYK
LAB
LAB
ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Bartosz Wilczyński | |
Prowadzący grup: | Adam Cicherski, Aleksander Jankowski, Bartosz Wilczyński | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2024/25" (jeszcze nie rozpoczęty)
Okres: | 2025-02-17 - 2025-06-08 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Aleksander Jankowski | |
Prowadzący grup: | Adam Cicherski, Aleksander Jankowski, Łukasz Kozłowski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki.