Modelowanie molekularne dla projektowania leków

obowiązkowe

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi 1200-2BLOK7-BIOW6
Receptory GPCR - struktury, działanie, leki 1200-RGPRC-OG

Zapoznanie się z rodzajami celów molekularnych i rodzajami leków, oraz poznanie w jaki sposób leki mogą z nimi oddziaływać aby je blokować lub aktywować.

w sali
zdalnie

Zapoznanie z metodami modelowania i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych pod kątem wykorzystania tych metod dla projektowania leków. Będą także omówione serwisy internetowe oraz bazy danych odnoszące się do leków i ich celów molekularnych.

Metody modelowania molekularnego i wizualizacji stanowią obecnie jedną z podstawowych części składających się na metodykę projektowania leków. Odnosi się to zarówno dla projektowania leków w oparciu o strukturę celu molekularnego (structure-based drug design) jak i bez tej struktury w oparciu tylko o aktywne i nieaktywne związki chemiczne (ligand-based drug design). W ramach wykładu zostaną omówione podstawy modelowania molekularnego (model CPK), definicja pola siłowego i jego zastosowanie w mechanice i dynamice molekularnej. Zostaną także przedstawione programy do wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych, budowania i modyfikacji związków chemicznych i białek, oraz elementy programowania. Ważnym elementem projektowania leków jest także umiejętność korzystania z internetowych baz danych związków chemicznych i celów molekularnych (białka, DNA, RNA) – zostaną omówione rodzaje informacji jakie się tam znajdują i jak z nich korzystać.

- Całkowity nakład pracy studenta: 1.5*30 = 45 godzin.

- Udział w zajęciach: 15 godzin

- Przygotowanie się do zajęć i egzaminu: 20 godzin

- Konsultacje z prowadzącym: 10 godzin

---

WIEDZA: student/studentka po zaliczeniu przedmiotu zna i rozumie

K_W17

- w zaawansowanym stopniu aspekty budowy, działania i syntezy leków orazrozumie interdyscyplinarny charakter projektowania nowych leków i systemówdo ich dostarczania. Zna podstawy modelowania molekularnego.

UMIEJĘTNOŚCI: student/studentka po zaliczeniu przedmiotu potrafi

K_U011

- stosować aparat pojęciowy i modele jakościowe chemii kwantowej do analizyi interpretacji własności atomów i molekuł, oraz przebiegu prostych reakcji chemicznych;

w szczególności:

- potrafi stosować aparat pojęciowy i modele jakościowe chemii do analizy i interpretacji własności molekuł, oraz ich oddziaływania z biomolekułami;

- potrafi wyszukiwać potrzebne informacje z internetowych baz danych struktur związków chemicznych oraz biomolekuł, a także posługiwać się językiem programowania Python na poziomie podstawowym.

Maksymalna liczba nieobecności umożliwiająca osiągnięcie efektów uczenia się - 1.

Zaliczenie przedmiotu: egzamin testowy z ok. 50% pytań zamkniętych i 50% pytań otwartych.

Tak samo przy egzaminie poprawkowym.

Wymagane minimum 50% poprawnych odpowiedzi do zaliczenia.

Nie dotyczy