Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Pracownia podstaw biofizyki

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1100-3BB13 Kod Erasmus / ISCED: 13.202 / (0533) Fizyka
Nazwa przedmiotu: Pracownia podstaw biofizyki
Jednostka: Wydział Fizyki
Grupy: ZFBM - Biofizyka molekularna; przedmioty dla III roku
Punkty ECTS i inne: 8.00
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Pracownia podstaw biofizyki jest przeznaczona dla studentów, którzy zaliczyli następujące przedmioty:

Pracownia chemii,

Pracownia biologii molekularnej,

Fizyka z matematyką,

Analiza niepewności pomiarowych w eksperymentach fizycznych,

Wstęp do mechaniki kwantowej układów molekularnych

Fizyka cząsteczek i makrocząsteczek biologicznych w roztworach wodnych,

Struktura i funkcje makrocząsteczek biologicznych,

Metody biofizyki molekularnej,

Chemia fizyczna.


Pracownia podstaw biofizyki dla specjalności Biofizyka molekularna ma na celu zapoznanie studenta z wybranymi nowoczesnymi metodami eksperymentalnymi stosowanymi w biofizyce molekularnej, których podstawy teoretyczne zostały omówione na wykładach „Spektroskopia molekularna” i „Metody biofizyki molekularnej”. Składa się z krótkich, trwających 6 godzin (jednodniowych) ćwiczeń wykonywanych w parach lub, w przypadku aparatury unikalnej jak np. ultrawirówka analityczna czy mikrokalorymetr, w zespołach złożonych z dwóch grup (czyli czteroosobowych).

Przebieg ćwiczeń składających się na Pracownię podstaw biofizyki jest dobrze określony, tak aby maksymalnie wykorzystać krótki czas przeznaczony na jedno ćwiczenie. Znajomość większości technik prezentowanych podczas Pracowni podstaw biofizyki student będzie mógł pogłębić poprzez uczestnictwo w zajęciach Pracowni biofizyki dla zaawansowanych, w ramach której przewidziane są dłuższe ćwiczenia, odpowiedniki ćwiczeń wykonywanych w ramach Pracowni fizycznej dla zaawansowanych.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Zajęcia laboratoryjne z podstaw biofizyki molekularnej. Zajęcia mają na celu zapoznanie studenta z wybranymi nowoczesnymi metodami eksperymentalnymi stosowanymi w biofizyce molekularnej.

Pełny opis:

Ćwiczenia obowiązkowe:

1. Spektroskopia UV/VIS absorpcja

2. Spektroskopia w podczerwieni

3. Wyznaczanie aktywności enzymatycznej przy użyciu licznika scyntylacyjnego

4. Różnicowa kalorymetria skaningowa (DSC)

5. Miareczkowania fluorescencyjne

6. Spektroskopia UV/VIS emisja

7. Ultrawirowanie analityczne

8. Pomiary kinetyczne metodą zatrzymanego przepływu (stopped-flow)

9. Krystalizacja białek

10. Pomiary spektroskopowe z wykorzystaniem czytnika mikropłytek

Ćwiczenia dodatkowe (nie wszystkie będą dostępne w każdym roku akademickim):

1. Izotermiczna kalorymetria

2. Spektroskopia dichroizmu kołowego CD

3. Spektroskopia NMR

4. Denaturacja białek

5. Inhibicja reakcji enzymatycznych

6. Metody izotopowe

7. Metody chromatograficzne

8. Pomiary czasów życia stanów wzbudzonych

9. Spektrometria mas (MS)

10. Badania spektroskopowe form tautomerycznych zasad i/lub nukleozydów

11. Formy jonowe, spektrofotometryczne wyznaczanie pK, pK* (pK stanu wzbudzonego)

12. Spektroskopia ATR FTIR

Przewidywany nakład pracy studenta:

Uczestnictwo w zajęciach: 90 h

Przygotowanie do zajęć i przygotowanie sprawozdań z wykonanych ćwiczeń: 120 h

Literatura:

1. G. Ślósarek, „Biofizyka molekularna. Zjawiska. Instrumenty. Modelowanie”, PWN, Warszawa

2. Z. Kęcki, „Podstawy spektroskopii molekularnej”, PWN, Warszawa

3. P.W. Atkins, „Chemia fizyczna”, PWN, Warszawa

4. Praca zbiorowa, „Metody spektroskopowe i ich zastosowanie do identyfikacji związków organicznych", WNT, Warszawa

5. A. Kawski „Fotoluminescencja roztworów”. PWN, Warszawa

6. R.A. Copeland, „Enzymes” Wiley-VCH, New York

7. A. Fersht, „Structure and mechanism in protein science” W.H. Freeman and Company, New York

8. G.U. Nenhaus „Protein-ligand interactions. Methods and applications” Human Press, Totowa, New Jersey.

9. C.A. Parker „Photoluminescence of solutions” Elsevier, Amsterdam

10. J.R. Lakowicz, „Principles of Fluorescence Spectroscopy”, Kluwer Academic/Plenum Press Publisher, New York, Boston, Dordrecht, London, Moscow

11. T.A. Waigh "Applied Biophysics", John Wiley & Sons Ltd

12. J. Drenth "Principles of Protein X-Ray Crystallography" Springer

Efekty kształcenia:

Wiedza:

1. znajomość podstaw spektroskopii molekularnej

2. znajomość budowy i właściwości spektroskopowych nukleozydów, nukleotydów, aminokwasów, kwasów nukleinowych, białek

3. znajomość metod spektroskopowych stosowanych w badaniach biofizycznych

4. znajomość metod analizy oddziaływań białko-ligand

5. znajomość zagadnień z zakresu kinetyki i inhibicji reakcji enzymatycznych

6. znajomość podstaw wirowania analitycznego

7. znajomość metod krystalizacji białek

Umiejętności:

1. umiejętność samodzielnego wykonania prostych eksperymentów z zakresu biofizyki molekularnej

2. umiejętność pracy w zespole

3. umiejętność obsługi podstawowej aparatury badawczej stosowanej w badaniach biofizycznych

4. umiejętność opracowania, analizowania i prezentowania własnych wyników

Postawy:

1. zrozumienie, na czym polega etyka pracy badawczej

2. świadomość odpowiedzialności za własne wyniki

3. dbałość o bezpieczeństwo pracy z substancjami chemicznymi, biologicznymi i aparaturą stosowaną w badaniach biofizycznych

Metody i kryteria oceniania:

Dopuszczalnej liczba nieobecności podlegających usprawiedliwieniu:

dwie w semestrze

Na zaliczenie i ocenę końcową z poszczególnych ćwiczeń składają się trzy elementy:

1. kolokwium wstępne

2. wykonanie ćwiczenia

3. samodzielne przygotowanie prawidłowego sprawozdania z wykonanego ćwiczenia

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-01-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 90 godzin, 16 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Maria Bzowska
Prowadzący grup: Jan Antosiewicz, Małgorzata Bartkiewicz, Aleksandra Dawidziak-Pakuła, Joanna Krasowska, Krzysztof Krawiec, Anna Modrak-Wójcik, Marta Narczyk, Maria Winiewska-Szajewska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/20" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2019-10-01 - 2020-01-27
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 90 godzin, 16 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Maria Bzowska
Prowadzący grup: Anna Modrak-Wójcik, Marta Narczyk, Maria Winiewska-Szajewska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.